يعمل الكرسي على تحقيق الأهداف العامة للجامعة المنصوص عليها في قانونها لسنة 1990م من خلال الأهداف التالية:-
- بناء القدرات والإبتكار في مجال البحوث وتطوير المعرفة المتعلقة بالإدارة المائية
- تجميع الجهود ووضع إستراتيجيات البحوث والتدريب للعاملين في قطاع المياه والمجالات ذات الصلة وتنفيذها في السودان ودول حوض النيل وأحواض المياه الجوفية.
- إجراء البحوث المتصلة بالتنمية المستدامة للموارد المائية وإدارتها.
- إنشاء دراسات عليا في مجال الموارد المائية والعلوم ذات الصلة لنيل الدرجات العلمية التالية:-
- الدبلوم
- الماجستير
- والدكتوراة
- إنشاء مركز توثيق ومعلومات لخدمة أهداف الكرسي.
- إنشاء شبكة من المعاهد والجامعات ذات الصلة بأهداف الكرسي من دول حوض النيل والبلدان ذات الإهتمام المشترك.
- إعداد برامج لتدريب الكوادر المحلية والإقليمية والعالمية في مجالات الموارد المائية والإستفادة من البرامج الموجودة في هذا المجال.
- يعمل الكرسي من خلال تخصصاته في خدمة المجتمع المحلي ومجتمعات دول الحوض بما يحقق رسالة الجامعة.
- تطوير الكرسي ليكون مركز إمتياز في مجالات الإدارة المائية.
- تقديم الخدمات الإستشارية في مجال أنشطة الكرسي المختلفة
- إحياء التراث الإسلامي في مجال الموارد المائية.