تم إنشاء كراسي اليونسكو كجزء من جهود منظمة اليونسكو لنشر المعرفة وتوسيع نطاق التعاون علي المستوي المحلي والإقليمي والعالمي حيث تعمل كمراكز بحثية في مختلف التخصصات العلمية، وكانت إحدي هذه الجهود إنشاء كرسي اليونسكو للمياه بجامعة أم درمان الإسلامية كمركز علمي بحثي يعمل في مجال تنمية وإدارة الموارد المائية وبناء القدرات علي المستوي المحلي والإقليمي والعالمي، وذلك لما للمياه من أهمية متعاظمة وأثر بالغ علي مجمل الحياة علي كوكب الأرض وما تواجهه من تحديات ومخاطر كبيرة تحيط به كمصدر حياتي لا غني عنه وسبب أساسي للتنمية المستدامة، كل هذه التحديات جعلت شعوب العالم تتدافع نحو التعاون لإيجاد السبل الكفيلة للمحافظة علي المصادر المائية وتنميتها وحسن إدارتها، فكانت ثمرة هذا التعاون أن وقعت جامعة أمدرمان الإسلامية نيابة عن حكومة السودان إتفاقية مع منظمة اليونسكو في العام 1994، تقضي بإنشاء كرسي اليونسكو للمياه.